インデントの設定については、javascript-mode.l を修正するのではなく、.xyzzy へ追記したあとへ
(setq *javascript-indent-level* 4)
(setq *javascript-indent-tabs-mode* t)
などと書くのが一般的かなと思います。
（javascript-mode.l のオリジナルが変更されて上書きする場合にいちいち修正せずにすみます）

(setq 変数名 値) で変数への値の代入です。
ちなみに defvar も基本は変数への値の代入ですが、変数が値を持たない場合のみに有効です。
この場合、javascript-mode.l の中で defvar で変数に値を設定しているので、上書きするために setq を使います。