プログレッシヴ JPEG の MIME タイプが別で存在することをさっき知りました．

JPEG： image/jpeg
Progressive JPEG： image/pjpeg

したがって，JPEGのみを扱うアップローダなどの実装でファイルのMIMEタイプを調べる場合，image/jpeg だけでなく image/pjpeg についても比較する必要があります．

次のように条件分岐させてやればいいでしょう．

use CGI;
my $q = CGI->new();
my $file_upload = $q->param('file-upload');

if( $q->uploadInfo($file_upload)->{'Content-Type'}
      =~ m{image/p?jpeg} ) {
  #
  # JPEGファイル
  #
}
else {
  #
  # 非JPEGファイル
  #
}